Vætudúnurt hefur rauð, fjórdeild, yfirsætin blóm. Krónan er 8-12 mm á lengd. Bikarinn er 3-4 mm á lengd, dökkrauður. Fræflar eru 8. Eitt kylfulaga, óklofið fræni, frævan sjálf er öll neðan undir blómhlífinni, 2-6 sm á lengd, klofnar við fræþroskun í fjórar ræmur, fræin með löngum, hvítum svifhárum. Stöngullinn er gáróttur, stutthærður. Blöðin eru mjóegglaga eða oddbaugótt, reglulega fíntennt, óstilkuð, 3-7 sm á lengd og 1-2,5 sm á breidd, gagnstæð neðst á stönglinum en oft stakstæð ofar.
Runnadúnurt Epilobium montanum er sjaldgæfur slæðingur sem líkist mjög vætudúnurt en þekkist á fjórklofnu fræni; blöðin eru stuttstilkuð og dýpra tennt.
Vætudúnurt í Reykjavík 1982. Þar sem blómin eru yfirsætin, sitja þau yfir frævunni, sem lítur út eins og langur stilkur.