Hnúðsef er afar breytilegt, eftir því hvort það vex á kafi í vatni eða í rökum jarðvegi. Á kafi myndar sefið þétta kransa af löngum (10-20 sm, hárfínum, þráðmjóum (0,1-0,5 mm) blöðum, en blómgun er ófullkomin og blómhnoðun stundum blaðgróin. Í leirefju ofan vatnsborðs hefur hnúðsefið styttri og gildari blöð (0,5-1,5 mm), oft töluvert rauðleit. Blómhnoðun eru þá þéttari og reglulegri með þrem til sjö blómum. Blómhlífarblöðin eru 6, ýmist rauð eða græn, með glærum eða brúnleitum himnufaldi, ydd. Fræflar eru þrír, ein fræva með þrískipt fræni. Aldinið er nokkuð þvert í toppinn, með smábroddi. Jurtin myndar oft smáþykkildi eða hnúða í neðstu blaðslíðrum við rótar-hálsinn.