Lónajurt er fíngerð, fjölær vatnajurt sem vex á kafi í söltum eða hálfsöltum sjó, með láréttum, grönnum jarðstöngli og uppréttum, greindum hliðarstönglum. Blöðin eru striklaga, flöt, með einum miðstreng, 0,5-1 mm breið, snubbótt í endann. Blaðfóturinn er með löngu, himnukenndu, uppblásnu slíðri. Blómin eru blómhlífarlaus, blóm og aldini standa á enda kransstæðra, langra (1-2,5 cm) leggja sem hafa tilhneigingu til að vefjast upp í gorma. Aldinin skakk-flöskulaga með stuttum stút, 2-2,5 mm á lengd og 1 mm breið.
Lónajurtinni hefur verið skipt í tvær aðskildar tegundir, Ruppia cirrhosa (lónajurt) og Ruppia maritima (ósajurt). Við rannsóknir á sýnum frá Íslandi, sem Solstad og Elven hafa staðið fyrir, hefur komið í ljós, að báðar tegundirnar eru hér við Ísland.
Myndin sýnir blómskipan lónajurtar með aldinum. Sýni var tekið í tjörnum ofan við sjávarkambinn á Hraunum í Fljótum 19. ágúst 2008, en myndin tekin heima á Arnarhóli.