Blöð vatnsnafla eru kringlótt, grunnt bogtennt, hárlaus, 1-3 sm í þvermál. Blaðstilkarnir eru 5-15 sm langir, rísa upp af skriðulum jarðstöngli, festir í blöðkuna miðja, oftast hærðir rétt undir festingunni. Blómin eru örsmá, í litlum, kolllaga sveipum, fimmdeild, yfirsætin; krónublöðin eru hvítleit, blómhnapparnir oft bleikleitir. Frævan er tvíblaða með tveim stílum, aldinið tvíkleyft klofaldin.
Vatnsnafli við Kleppjárnsreyki í Borgarfirði árið 1983.
Hér má sjá blómstraðan vatnsnafla í Deildartungu árið 2003. Örsmáir blómsveipir sjást á ofanverðri myndinni lítið eitt til hægri.