Skammkrækillinn er hárlaus jurt,
oft með marga blómstöngla frá sömu rót. Blómin eru flest fjórdeild og
aðeins 2-2,5 mm í þvermál, stundum eitt og eitt fimmdeilt. Krónublöð
vantar oft, eru annars hvít og þá oftast mjög stutt, miklu styttri en
bikarblöðin. Bikarblöðin eru sporbaugótt, ljósgræn, 1,5-2,5 mm á lengd,
með mjóum, glærum himnufaldi, lykja um knappinn meðan blómið er að
þroskast, en brettast síðan aftur á bak og eru útrétt þegar aldinið fer
að þroskast. Fræflar eru venjulega fjórir, ein fræva með fjórum til fimm
stílum, verður við þroskun að topp- eða perulaga hýðisaldini sem opnast
með fjórum til fimm tönnum í toppinn. Fræin eru örsmá, um 0,3 mm í þvermál.
Blöðin eru gagnstæð, striklaga, með um 0,2 mm löngum broddi í endann,
stöngulblöðin oft um 3-6 mm á lengd, en stofnblöðin lengri.
Skammkrækill í Hrísey á Eyjafirði árið 1997. Ef myndin er stækkuð má greinilega sjá hvernig bikarblöðin brettast út og niður eftir aldinþroskun, og einnig má sjá að nokkur blóm eru fimmdeild.