Vatnamari er rótföst vatnajurt, á
kafi að frátöldum blómöxunum sem rísa aðeins upp úr yfirborðinu. Blómin
eru smá, einkynja, í gisnu axi á toppi plöntunnar, fjórdeild. Blöðin eru
kransstæð, oftast 2-5 saman, fjaðurskipt, með hárfína, mjóa (0,2-0,3 mm)
striklaga bleðla. Blöðin eru allstinn og halda sér nokkuð frá stönglinum
þegar hann kemur upp úr vatninu. Neðsti hluti stöngulsins er með litlum,
grófum og aðlægum, niðursveigðum blöðum greinilega frábrugðin þeim sem
ofar eru.