Hnúskakrækillinn er fjölær jurt með
margar blómstrandi, hárlausar greinar sem vaxa upp frá stofnlægri
blaðhvirfingu. Oft eru stönglar og blöð með meir
eða minna rauðbrúnum lit, en stundum grænum. Blómin eru stök eða í
litlum kvíslskúf á greinendunum, 7-8 mm í þvermál, fimmdeild.
Krónublöðin eru hvít, sporbaugótt og ávöl fyrir endann, töluvert lengri
en bikarblöðin. Bikarblöðin eru sporbaugótt eða egglaga, græn eða oft
rauðmenguð í endann. Fræflar eru tíu með gulum frjóhirzlum, ein fræva
með fimm stílum. Aldinið er egglaga hýðisaldin, fræin dökk brún, um eða
innan við hálfan mm að stærð. Blöðin eru gagnstæð, striklaga, 2-7 mm
löng og oft broddydd, hárlaus. Stöngulblöðin eru oftast aðeins 2-5 mm á
lengd, í öxlum þeirra eru litlir, hnúsklaga blaðsprotar sem verða að
æxliknöppum. Þeir falla auðveldlega af og geta orðið upphaf að nýjum
einstaklingum. Stofnblöðin eru lengri, oft 5-10 mm á lengd. Stundum
myndar hnúskakrækillinn fá eða engin blóm, en þeim mun meira af
æxli-knöppum.