Varpatvítönn er einær jurt. Blómin
eru nokkur saman í þyrpingum í blaðöxlunum. Krónan er pípulaga neðan
til, einsamhverf, purpurarauð, 10-15 mm löng. Bikarinn er grænleitur með
dökkgrænum eða fjólubláum strengjum, 5-7 mm langur, þétt hvítloðinn með
fimm oddmjóum bikarflipum. Fræflar eru 4, frævan með einum stíl og
klofnu fræni. Stöngullinn er ferstrendur. Blöðin eru gagnstæð, þéttust
efst, hjartalaga eða nýrlaga, loðin, gróftennt eða handsepótt, separ
(tennur) breiðar og ávalar í endann. Efstu blöðin eru stilklaus og
greipfætt, þau neðri stilklöng.