Fjallnykran myndar sjaldan flotblöð. Þau eru lensulaga, 5-10 sm á lengd, blaðkan mjókkar jafnt niður á stilkinn. Kafblöðin eru löng, oftast 6-16 sm, mjókka jafnt niður að fætinum en óstilkuð, snubbótt fyrir endann, brún eða grænleit. Blómin eru smá með fjórum fræflum og frævum, standa þétt saman á 1,5-2,5 sm löngu axi sem stendur upp úr vatninu. Axstilkurinn gildnar ekki neðan við axið eins og er á grasnykru.
Hér sést fjallnykra í vatni í grennd við Eskey á Mýrum 1. ág. 1989.
Á þessari mynd sjást betur blómöxin sem standa upp úr vatninu. Myndin er tekin við Rangárbotna árið 1986.
Fjallnykra í tjörn á Þingvöllum 16. júlí 2012